一括請求（トップクルーズ請求も含む）となっていますが、一括移行依頼を行うと一括請求に紐づく全てのNWIDが移行されるようですが、自部門が契約しているNWIDのみ移行する事は可能ですか？

はい。可能です。
以下の２つの方法があります。
１．管理されたいネットワークIDのみ、新たな「申込／契約確認サイト」へ移行のお手続きを実施してください。
こちらのマニュアルをご参照ください。

２．一括移行依頼時に以下のように記入してください。
　　　複数ネットワークIDの一括移行依頼
　　　・「申込／契約確認サイト」ログインアカウント（メールアドレス）
　　　・ネットワークID（認証済）
　　　・追加して欲しいネットワークID　（全て入力してください。）